Ο πόνος αποτελεί μία συνηθισμένη εκδήλωση των ασθενών που πάσχουν από πολυκυστική νόσο των νεφρών. Ωστόσο αυτό που χαρακτηρίζουν σαν πόνο οι ασθενείς δεν πάντοτε πόνος, αλλά συνήθως είναι ένα είδος δυσφορίας, με ένα αίσθημα πληρότητας, ενώ άλλες φορές έχουν την αίσθηση κάποιου βάρους στη μέση τους, αίσθημα που φυσικά δεν παίζει ιδιαίτερο ρόλο στην ποιότητα ζωής τους. Αυτό το είδος πόνου οφείλεται στο βάρος των νεφρών και στην προς τα κάτω έλξη του μίσχου τους. Σε ορισμένους ασθενείς ο πόνος αποτελεί κάποια επιπλοκή, δηλαδή αιτία του είναι η αιμορραγία μιας κύστης ή η μετακίνηση μιας πέτρας του νεφρού. Αυτά τα τελευταία αίτια αν και χαρακτηρίζονται από σοβαρότερες εκδηλώσεις πόνου, η διάρκειά του είναι μικρότερη.

Σε πολύ λίγους ασθενείς ο πόνος είναι έντονος και επίμονος. Αυτό το είδος είναι πολύ ενοχλητικό, τόσο για τον ασθενή, όσο και για το γιατρό του. Βέβαια εδώ πρέπει να τονιστεί ότι αν και ο πόνος δεν είναι ευχάριστος, ωστόσο όταν υπάρχει προσφέρει υπηρεσίες, διότι δείχνει ότι κάτι κακό συμβαίνει με την υγεία μας (καμπανάκι κινδύνου) και πρέπει να λάβουμε τα μέτρα μας. Σημειώνεται ότι υπάρχει και ο χρόνιος πόνος, δηλαδή αυτός που διαρκεί πάνω από 3 μήνες (ο ορισμός αν και αυθαίρετος υφίσταται).

Ο πόνος όμως είναι πολυδιάστατη εκδήλωση. Έτσι ο ασθενής που πονά χρονίως συνήθως είναι και καταθλιπτικός, εμφανίζει διαταραχές του ύπνου του, αισθάνεται κουρασμένος και έχει και λειτουργικές διαταραχές. Δεν είναι ικανός να λειτουργεί και να εργάζεται σαν τα φυσιολογικά άτομα. Έτσι αν χρειαστεί κάποιος να αντιμετωπίσει το πρόβλημα του πόνου ασθενούς που πάσχει από πολυκυστική νόσο των νεφρών, πρέπει να λάβει υπόψη του όλες αυτές τις παράλληλες εκδηλώσεις του.

Θεραπευτικά τα φάρμακα που χρησιμοποιούνται είναι τα παρακάτω και μάλιστα με τη σειρά που αναφέρονται: Τα μη ναρκωτικά αναλγητικά όπως είναι η ακεταμινοφαίνη, τα μη στεροειδή αντιφλεγμονώδη με κύριους αντιπροσώπους τους νεότερους Cox-2 αναστολείς ή και τα ασθενή και ισχυρά απιοειδή (ναρκωτικά). Αν και τα τελευταία δεν αποδώσουν το επιθυμητό αποτέλεσμα και ο πόνος παραμένει για πολύ, μπορεί να αποφασισθεί να επέμβουμε στις κύστεις (με παρακέντηση) ή να επηρεάσουμε τη μεταφορά του ερεθίσματος από τους νεφρούς στον εγκέφαλο, δηλαδή να χρησιμοποιήσουμε την συμπαθεκτομή, η οποία αποκλείει την μεταφορά του ερεθίσματος από τη βλάβη στον εγκέφαλο και έτσι δεν γίνεται αντιληπτός ο πόνος.

Όσο αφορά τέλος στα οπιοειδή που αποδεικνύονται συχνά πολύ χρήσιμα στην αντιμετώπιση του πόνου, δεν πρέπει να ξεχνάμε ότι η χρόνια χρήση τους προκαλεί εθισμό.